Akademie Colloquia zijn kleinschalige prestigieuze congressen waaraan de KNAW subsidie en organisatorische ondersteuning biedt. Ze brengen een selecte groep van maximaal 50 excellente wetenschappers uit binnen- en buitenland bij elkaar op een thema waar, binnen het vakgebied, belangrijke innovatieve ontwikkelingen te verwachten zijn.

De Arend Heyting Stichting heeft tot doel het bevorderen van de kennis van de grondslagen van de wiskunde, in het bijzonder het intuïtionisme.

Het Congressubsidiefonds bevordert de organisatie van internationale wetenschappelijke congressen in Nederland.

De Dr. J.L. Dobberke Stichting voor Vergelijkende Psychologie bevordert onderzoek naar gedragsbiologie bij levende wezens, in het bijzonder diergedrag.

De stichting stelt zich ten doel het werk van de Nederlandse logicus Evert Willem Beth voort te zetten en te verbreiden. Dat doet zij door onderzoek naar en onderwijs in de wijsbegeerte te bevorderen door symposia, lezingen en subsidies.

De Stichting J. Gonda Fonds ondersteunt wetenschappelijk onderzoek naar het Sanskriet, andere Indische talen, Indische letterkunde en cultuurgeschiedenis.

Het KNAW-Hendrik Muller Zomerseminar is een masterclass voor een select gezelschap van maximaal 22 masterstudenten, pas afgestudeerden en promovendi in de sociale - en geesteswetenschappen. Het Zomerseminar is van hoog niveau, sterk interdisciplinair en richt zich op wetenschappelijke aspecten van maatschappelijke vraagstukken. Thema van het KNAW-Hendrik Muller Zomerseminar 2013 is 'Ras en racialisering: betekenis en gevolgen van biologische verschillen'.

Het Programma Akademie-assistenten interesseert talentvolle masterstudenten voor onderzoek en een loopbaan in de wetenschap.

Het Schure-Beijerinck-Popping Fonds bevordert door subsidies ecologisch, vooral aquatisch, (veld)onderzoek.