Akademie Colloquia zijn kleinschalige prestigieuze congressen waaraan de KNAW subsidie en organisatorische ondersteuning biedt. Ze brengen een selecte groep van maximaal 50 excellente wetenschappers uit binnen- en buitenland bij elkaar op een thema waar, binnen het vakgebied, belangrijke innovatieve ontwikkelingen te verwachten zijn.

Het M.W. Beijerinck Virologie Fonds bevordert wetenschappelijk onderzoek naar virologie met inbegrip van biochemie en biofysica.

Het Congressubsidiefonds bevordert de organisatie van internationale wetenschappelijke congressen in Nederland.

De Dr. J.L. Dobberke Stichting voor Vergelijkende Psychologie bevordert onderzoek naar gedragsbiologie bij levende wezens, in het bijzonder diergedrag.

De stichting stelt zich ten doel het werk van de Nederlandse logicus Evert Willem Beth voort te zetten en te verbreiden. Dat doet zij door onderzoek naar en onderwijs in de wijsbegeerte te bevorderen door symposia, lezingen en subsidies.

De Stichting J. Gonda Fonds ondersteunt wetenschappelijk onderzoek naar het Sanskriet, andere Indische talen, Indische letterkunde en cultuurgeschiedenis.

De KNAW stelt reis- of verblijfsbeurzen beschikbaar voor korte werkbezoeken van een à twee weken voor de start van een wetenschappelijke samenwerking tussen landen. Dit programma wordt met ingang van 2013 beëindigd (aanvragen uiterlijk tot en met 30 september 2012).

Het KNAW-Hendrik Muller Zomerseminar is een kleinschalige masterclass (max. 22 deelnemers) voor talentvolle masterstudenten of promovendi in één van de sociale wetenschappen. Het Zomerseminar is van hoog niveau, sterk interdisciplinair en richt zich op wetenschappelijke aspecten van maatschappelijke vraagstukken. Thema van het KNAW-Hendrik Muller zomerseminar 2012 is 'Emotionele rationaliteit'.

Het Programma Akademie-assistenten interesseert talentvolle masterstudenten voor onderzoek en een loopbaan in de wetenschap.