De directie bestaat uit de algemeen directeur en de directeur instituten. De algemeen directeur is verantwoordelijk voor de dagelijkse leiding van de KNAW-organisatie. Binnen de directie is de directeur instituten de eerstverantwoordelijke voor de institutenorganisatie. Van de institutenorganisatie maken zeventien onderzoeksinstituten deel uit.

De directie bestaat uit:

• Dr. Hans Chang, algemeen directeur
• Prof. dr. Theo Mulder, directeur instituten