De KNAW-instituten verrichten fundamenteel en fundamenteel-strategisch onderzoek op de gebieden levenswetenschappen en geestes- en sociale wetenschappen. Daarnaast verleent een aantal instituten diensten aan onderzoekers en andere gebruikers. Zij doen dat door het vormen en beheren van biologische of documentaire collecties, het leveren van informatiediensten - in toenemende mate in digitale vorm - of het verschaffen van andere faciliteiten voor onderzoek. De KNAW-instituten zijn gevestigd in diverse plaatsen in Nederland; in totaal werken er circa 1300 mensen.

	Levenswetenschappen				Geestes- en Sociale Wetenschappen
			Centraalbureau voor Schimmelcultures (CBS)				Data Archiving & Networked Services (DANS)
			Hubrecht Instituut				Fryske Akademy
			Interuniversitair Cardiologisch Instituut Nederland (ICIN)				Huygens Instituut
			Nederlands Instituut voor Ecologie (NIOO)				Internationaal Instituut voor Sociale Geschiedenis (IISG)
			Nederlands Instituut voor Neurowetenschappen				Koninklijk Instituut voor Taal-, Land- en Volkenkunde (KITLV)
			Spinozacentrum voor Neuroimaging				Meertens Instituut
	Programmering & Maatschappelijk debat						Nederlands Instituut voor Oorlogsdocumentatie (NIOD)
			Rathenau Instituut				Nederlands Interdisciplinair Demografisch Instituut (NIDI)
			Waddenacademie				Netherlands Institute for Advanced Study in the Humanities and Social Sciences (NIAS)
							Roosevelt Study Center (RSC)
							Virtual Knowledge Studio for the Humanities and Social Sciences (VKS)