De president is een belangrijke schakel in het bewaren van de eenheid tussen de twee Afdelingen van de KNAW. Hij geeft leiding aan de vergaderingen van het algemeen en het dagelijks bestuur. De president wordt benoemd voor een periode van drie jaar.

Robbert Dijkgraaf (1960) is sinds 2005 universiteitshoogleraar aan de Universiteit van Amsterdam, waar hij vanaf 1992 de leerstoel mathematische fysica bezette. Hij studeerde natuurkunde en wiskunde in Utrecht. Na een onderbreking waarin hij de opleiding schilderen volgde aan de Gerrit Rietveld Academie, promoveerde hij daar cum laude in 1989 bij Nobelprijswinnaar Gerard 't Hooft. Daarna bekleedde hij posities aan Princeton University en het Institute for Advanced Study in diezelfde plaats. Dijkgraaf werkt op het gebied van snaartheorie, quantumzwaartekracht en het grensgebied van wiskunde en deeltjesfysica. Voor dit onderzoek kreeg hij in 2003 de NWO Spinozapremie, de hoogste wetenschappelijke onderscheiding in Nederland. Dijkgraaf was gasthoogleraar in onder andere Harvard, MIT, Berkeley en Kyoto, hij is redacteur van een tiental wetenschappelijke tijdschriften en wetenschappelijke adviseur van instituten in Cambridge, Bonn, Stanford, Dublin en Parijs. Veel van Dijkgraafs activiteiten liggen op het snijvlak van wetenschap en maatschappij. Als columnist van NRC Handelsblad schrijft hij voor een breed publiek over wetenschap, kunst en andere zaken. Veel van deze stukken zijn gebundeld in Blikwisselingen (Uitgeverij Bert Bakker, 2008). Hij is de popularisering van de wetenschap zeer toegedaan, bijvoorbeeld als medewerker van het televisieprogramma Hoe?Zo!, maar ook als initiatiefnemer (én financier) van proefjes.nl, een website met alledaagse proefjes voor kinderen vanaf 8 jaar. Dijkgraaf is tevens lid van de het tweede Innovatieplatform. Robbert Dijkgraaf: 'De KNAW speelt een bijzondere rol in de samenleving. Zij is niet alleen forum, stem en geweten van de wetenschap, maar vertegenwoordigt ook haar ziel.'