De KNAW is verantwoordelijk voor tien nationale onderzoeksinstituten en drie instituten die infrastructuur bieden voor onderzoek. Ze zijn werkzaam op het terrein van de geesteswetenschappen, de sociale wetenschappen en de levenswetenschappen. De KNAW-instituten nemen een prominente plaats in de (internationale) wetenschap in. Ze functioneren als nationaal kenniscentrum en beheren en ontsluiten unieke en vaak wereldvermaarde collecties en/of onderzoeksfaciliteiten.
Kennisbenutting
Een belangrijk aandachtspunt van de KNAW-instituten is kennisbenutting. Om de KNAW-instituten en individuele KNAW‑onderzoekers daarbij te ondersteunen, heeft de KNAW het Knowledge Transfer Office (KTO) opgericht. Het KTO helpt bij het zoeken van de nodige expertise voor deze kennisbenutting en biedt ondersteuning op het gebied van subsidiewerving. Meer informatie over het KTO.
Evaluatie
De kwaliteit van de instituten wordt regelmatig getoetst door middel van onafhankelijke evaluatiecommissies. De evaluaties vinden plaats op basis van het Standard Evaluation Protocol en de bijbehorende KNAW-handleiding voor evaluaties van KNAW-instituten.
Dierproeven
Drie KNAW-instituten doen onderzoek met proefdieren: het Hubrecht Instituut, het Nederlands Instituut voor Ecologie en het Nederlands Herseninstituut. Het gaat vooral om vogels, knaagdieren en vissen. Er is een kleine groep primaten voor hersenonderzoek. Sinds 2011 legt de KNAW tweejaarlijks verantwoording af over haar proefdieronderzoek. Meer informatie vindt u op de themapagina.
Gelieerde instituten
Met twee instituten heeft de KNAW een liëring. Het Rathenau Instituut heeft een eigen bestuur, benoemd door de minister van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap. De Fryske Akademy is een zelfstandige stichting.